Il Presidio di Vimercate vanta una storia millenaria: nacque, grazie all'azione dei Monaci di Sant'Ambrogio, come ricovero per pellegrini nell'833 con il nome di “L’Hospitale di San Damiano”. Nel 1447 Enrico Rampini, arcivescovo di Milano, al fine di riorganizzare il disordine degli ospedali del Ducato meneghino, riunì sotto la tutela dell'"Hospitale Grande dell'Annunciata" i 26 ospedali principali dello Stato, tra cui L’Hospitale di San Damiano”, che perse così la sua autonomia. Fu ribattezzato dapprima con il nome di "Hospitale di San Giuseppe" e quindi "Hospitale Pauperum", infine venne indicato con il nome di "Hospitale del Borgo di Vicomercato".
Nel 1778, sotto la spinta del Conte Trotti, sovrintendente dell'ospedale, il nosocomio venne ristrutturato e si costruì un nuovo fabbricato, l'"Opera Pia ed Ospitale dei Poveri e luoghi Pii Uniti di Vimercate" inaugurato nel 1783 e tuttora esistente.
Altri interventi di ristrutturazione e di riforma portarono alla costruzione nel 1926 dell'Ospedale di Circolo, nel 1937 del Padiglione Sanitario, nel 1954 del Dispensario, nel 1958 del Padiglione Maternità, e nel 1961 del Poliambulatorio Inam. Nel 1973 venne inaugurato il primo monoblocco chirurgico: Vimercate diventò il presidio ospedaliero della Ussl 60, e nel 1995 della Ussl 28.
Dal gennaio 1998 Vimercate è l'Ospedale capofila dell'Azienda Ospedaliera "Ospedale Civile di Vimercate", ridenominata nell'anno 2009 "Azienda Ospedaliera di Desio e Vimercate".
Nella sua storia millenaria, alla tradizionale funzione della cura degli ammalati, si sono aggiunte quella educativa, d'istruzione ed elemosiniera. Nell'Hospitale di San Damiano ebbe, infatti, sede anche la prima scuola comunale di Vimercate, rimasta in essere fino alla riforma Casati.
Dal 30 ottobre 2010 l'Ospedale di Vimercate ha iniziato una nuova vita: l'attività si è infatti trasferita nella nuova sede di via Santi Cosma e Damiano, nel Nuovo Complesso
Ospedaliero voluto, insieme a Como, Legnano, Milano Niguarda e Bergamo, dalla Giunta Regionale lombarda.Il nuovo Ospedale, vero fiore all'occhiello dell'Azienda, progettato dall'arch. Mario Botta e costruito in soli tre anni, si sviluppa su tre piani fuori terra e due interrati, per una superficie totale di 113.000 mq.
L'architettura, la tecnologia e l'organizzazione sono tutte finalizzate a porre al centro dei percorsi logistici e diagnostico-terapeutici il paziente, con le sue patologie e il suo vissuto familiare e sociale; anche per questo motivo l'assistenza è organizzata secondo il modello per intensità di cura.